学校是国务院批准的首批硕士学位授予单位，第三批博士学位授予单位；现有10个博士学位授权一级学科，16个硕士学位授权一级学科，2个博士专业学位授权点，14个硕士专业学位授权点，8个博士后科研流动站，形成了以医学为主，理学、工学、法学、管理学、教育学等多学科协调发展的学科体系。
临床医学、药理学与毒理学入围ESI全球前1‰，13个学科入围ESI全球前1%，ESI总体排名位居全国第47。拥有5个国家重点及培育学科，6个国家中医药管理局重点学科，10个广东省重点学科。拥有国家临床重点专科27个（含中医类）、广东省临床重点专科79个、广东省高水平临床重点专科35个。
学科建设基本情况一览表
学科层次 | 学科名称 |
ESI世界排名前1‰学科 | 临床医学、药理学与毒理学 |
ESI世界排名前1%学科 | 临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学、化学、免疫学、材料科学、微生物学、社会科学总论、农业科学、环境与生态学、精神病学与心理学 |
国家重点学科 | 人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床 |
国家重点(培育)学科 | 病理学与病理生理学、外科学（骨外） |
国家中医药管理局重点学科 | 中医肾病学、中医脑病学、中药药剂学、中医痹病学、中药药理学、中西医结合基础 |
广东省重点学科 | 基础医学、临床医学、中西医结合、口腔医学、生物医学工程、生物学、公共卫生与预防医学、药学、社会医学与卫生事业管理、护理学 |
博士学位授权一级学科 | 基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、中药学、护理学、生物学 、生物医学工程 |
硕士学位授权一级学科 | 基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、中医学、中西医结合、药学、中药学、护理学、生物学、生物医学工程、特种医学、医学技术、马克思主义理论、公共管理、心理学 |
博士专业学位授权点 | 临床医学、口腔医学 |
硕士专业学位授权点 | 临床医学、口腔医学、电子信息、公共卫生、护理、药学、中医、中药学、应用心理、应用统计、生物与医药、公共管理、翻译、法律 |
博士后科研流动站 | 基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学 、中西医结合、药学、生物学、生物医学工程、护理学 |